Toutes les interventions du SBHG sur les cours d’eau (entretien, restauration, renaturation) prennent en compte la gestion du risque d’inondation. Les travaux sur la végétation ou sur la morphologie du lit sont conçus pour assurer le bon écoulement des eaux, en veillant à ne pas accélérer la propagation des crues en aval.
De plus le syndicat réalise et participe à la réalisation d'études hydrauliques à la base de la définition des zones inondables et des documents associés.
De manière plus spécifique, le SBHG a engagé des études sur plusieurs sites à fort enjeu :
- La Sausse sur la commune de l’Union, entre le lac de St Caprais et le confluent de l’Hers-Mort : En 2006, études de conception de la digue de protection du quartier de St Caprais et création d’un bassin dans le lit majeur de l’Hers pour compenser le volume de stockage substitué par la création de la digue.
- L’Hers-Mort entre Launaguet et Bruguières : de 2011 à 2016, programme d’études pour la protection contre les crues de l’Hers aval au moyen de différents aménagements (pont de la RD14 entre St Alban et Castelginest, casier d’inondation dans la plaine de l’Hersain à St Alban, reprise du bras de décharge du ruisseau de Carles à Fonbeauzard, …).
- La Sausse sur la commune de Beaupuy : le quartier du Flouquet est soumis au risque d’inondation de la Sausse. Le SBHG a donc réalisé entre 2015 et 2017 une étude complète avec modélisation hydraulique, scénarios d’aménagement et définition d’un projet de protection contre les eaux (fluviale et pluviale) du lotissement.