Les zones humides du bassin sont le plus souvent des dépressions situées à proximité des cours d’eau, occupées par des mares et des prairies humides. De nombreux sites ont été drainés ou remblayés au cours des dernières décennies. Le SBHG s’attache aujourd’hui à la restaurer, en accord avec les propriétaires riverains et les collectivités.
La mare des Fourragères sur la commune de Launaguet a été restaurée en 2010. Elle fait l’objet d’un suivi avec la commune, qui a aménagé les alentours en site de plein air.
Le cours amont du Dourdou à Caraman a été réaménagé en 2017 sur 200 mètres pour le faire méandrer et favoriser l’étalement des eaux dans un secteur boisé. La restauration de la zone humide permet d’améliorer la biodiversité du ruisseau, de renforcer son pouvoir d’autoépuration et de ralentir la propagation des crues.